マイクロバイオームとは何ですか？全身の健康との関連や整える方法
健康や腸活への関心が高まる中で「マイクロバイオーム」と言う言葉を耳にする機会が増えています。何となく体に良さそうなイメージはあるものの具体的に何を指し、健康とどのような関わりがあるのでしょうか？
本記事ではマイクロバイオームの基本的な考え方を整理し、食生活を中心に日常で意識できる整え方を分かりやすく解説します。
マイクロバイオームとは？簡単に解説
マイクロバイオーム（microbiome）とは、地球上に存在する細菌・真菌・ウイルスなどの微生物が集まって形成される「微生物の集合体（コミュニティ）」のことです。土壌や水中と言った自然環境ごとにマイクロバイオームが存在する他、ヒトの体内や体表にも形成されています。
ヒトの体を構成する細胞数は約30兆個とされていますが、体内に共生する常在菌は約38兆個と、ほぼ同程度です。消化管では口腔から直腸まで部位ごとに異なる常在菌が存在し、それぞれが共生関係を築いています。
特に大腸には約1000種、総量約1.5kgにも及ぶ細菌が集まっており、体内でも有数のマイクロバイオームが形成される部位です。これらの細菌は善玉菌・悪玉菌・日和見菌に分類され、バランスを保つことで消化や免疫などの健康維持に関与しています。
腸内細菌叢（フローラ）との違い
マイクロバイオームと腸内細菌叢（フローラ）は、似た言葉ですが指す範囲が異なります。マイクロバイオームは細菌だけでなく真菌やウイルスなども含め、地球上や生物の体内・体表に存在するすべての微生物の集まりを指す概念です。
一方、腸内細菌叢はヒトの腸内、特に大腸に生息する細菌の集合体を指します。そのため、腸内細菌叢は存在する場所や微生物の種類が限定されています。
腸内マイクロバイオームと健康
腸内マイクロバイオームは消化や排便といった腸の働きだけでなく、全身の健康状態とも関係していると考えられています。ここでは腸内マイクロバイオームと健康との関係について、脳・口腔・肌・腸の4つの視点から紹介します。
脳との関わり
精神的なストレスが腸の動きやバリア機能に影響する一方、腸の不調が不安や気分の落ち込みにつながると言われており、この関係は「脳ー腸相関」と呼ばれています。脳と腸は自律神経やホルモンを介して互いに影響し合っていると言う考え方です。
近年はさらに腸内細菌の働きがこの関係に関与することが分かり、「脳ー腸ー腸内細菌相関」と言う考え方が広がっています。腸内細菌が産生する物質や免疫・神経系を介した作用が、脳の働きや情動に影響する可能性が示唆されています。
こうした視点から、うつ病、不安障害、統合失調症、自閉スペクトラム症（ASD）、注意欠陥多動性障害（ADHD）など身近に聞かれる精神疾患との関連についても研究が進められている状況です。
口腔との関わり
口腔内に存在する歯周病原細菌と腸内細菌はそれぞれ独立した環境に生息しているように見えますが、両者が関連する全身性疾患のパターンが重なることから、「口ー腸ー全身の関連性」が注目されています。
口腔内の歯周病原性菌が炎症や毒素を通じて血流や消化管に影響を及ぼすと考えられ、肥満、糖尿病、動脈硬化、関節リウマチといった全身の疾患との関連が報告されています。
肌との関わり
脳と皮膚の状態は相互に影響し合っており、この関係は「脳ー腸ー皮膚相関」として注目されています。精神的なストレスが続くと腸を介したり直接伝達されたりして、アトピー性皮膚炎などの皮膚症状が悪化しやすくなることが知られています。
一方でこうした皮膚疾患を抱える方では、不安や抑うつといった精神的な不調がみられる割合が健常者と比べて高いことも報告されているのです。
肌の健康を内側から支える視点として、食事との関係については以下の記事も参考にしてください。
腸との関わり
腸内細菌は腸の免疫機能や腸管の動きにも深く関わっており、消化器系全体の健康に影響を及ぼします。消化器系の病気は、大きく炎症性と機能性に分けられます。
炎症性の代表例は、腸に慢性的な炎症が起こる潰瘍性大腸炎やクローン病です。一方、検査で明らかな炎症が見られない機能性の病気には腹痛や下痢・便秘を繰り返す過敏性腸症候群や、胃の不快感が続く機能性ディスペプシアなどがあります。腸内細菌のバランスは、これらの症状や腸の働きと関係すると考えられています。
腸内マイクロバイオームを整えるポイント
腸内マイクロバイオームを整えるためには食事や生活習慣を見直すことが大切ですが、完璧を目指しすぎるとかえってストレスになり、腸内環境に悪影響を及ぼすこともあります。無理のない範囲で、できることから少しずつ取り入れていく姿勢が重要です。
ここでは食事・運動・睡眠の3つの視点から、日常生活に取り入れやすいポイントを紹介します。
食事面
腸内マイクロバイオームを整える基本は朝・昼・夜の3食を欠かさず、栄養バランスの整った食事を続けることです。主食・主菜・副菜を組み合わせた食事を意識し、過度な飲酒は控えるなど規則正しい食生活を心掛けましょう。
その上で意識したいのがシンバイオティクスです。シンバイオティクスとは善玉菌そのものであるプロバイオティクスと、善玉菌のエサとなるプレバイオティクスを一緒に摂取する考え方です。
プロバイオティクスには乳酸菌やビフィズス菌などがあり、味噌や漬物などの発酵食品に多く含まれます。一方プレバイオティクスはオリゴ糖や食物繊維を多く含む成分で、野菜類、果物類、豆類などが代表的です。
毎日の食事に発酵食品と食物繊維を少しずつ組み合わせることで、無理なく腸内環境をサポートできます。
シンバイオティクスになるメニュー例
ここではプレバイオティクスとプロバイオティクスを組み合わせた、シンバイオティクスになるメニューを3つ紹介します。
「玉ねぎのキムチ和え」はオリゴ糖や食物繊維を含む玉ねぎと、乳酸菌を含むキムチを組み合わせたメニューです。玉ねぎのシャキッとした食感にキムチの旨みや香味野菜の風味が馴染み、さっぱりしながらもコクのある味わいになります。加熱せずに作れるため、日常の副菜として取り入れやすい一品です。
「アスパラガスの味噌炒め」はオリゴ糖を含むアスパラガスに、乳酸菌を含む味噌を合わせた料理です。アスパラガスを弱火でゆっくり加熱することで素材の甘みが引き立ち、味噌のコクが全体をまとめます。時間が経つと味が馴染みやすく、作り置きにも向いています。
「わかめときゅうりの酢和え」は食物繊維を含むわかめと、酢酸菌を含む酢を組み合わせたメニューです。みずみずしいきゅうりとわかめの食感にさっぱりとした酸味が加わり、食事の合間や副菜として取り入れやすい軽やかな味わいが特徴です。
腸内環境に良い食べ物についてさらに理解を深めたい方は、以下も併せて参考にしてみてください。
運動面
腸内マイクロバイオームを整える上では、食事だけでなく適度な運動を継続することも大切です。運動は腸のぜん動運動を促し、腸内環境の安定につながると考えられています。
厚生労働省の「健康づくりのための身体活動・運動ガイド2023」では、健康維持の目安として1日あたり約8,000歩以上の歩行や、息が弾み汗をかく程度の運動を週60分以上行うこと、筋トレを週2～3日取り入れることも大切です。
無理に負荷を高めるのではなく、ウォーキングや軽い筋トレなど続けやすい運動から段階的に習慣化していくと良いでしょう。
睡眠面
睡眠障害は生活習慣だけでなく腸内細菌の状態とも関連していると考えられており、睡眠の質を整えることは腸内マイクロバイオームを意識するうえでも重要なポイントです。質の高い睡眠のためには、以下のような体内時計を整える生活リズムづくりが欠かせません。
・起床後はできるだけ早い時間帯に朝日の強い光を浴びる
・就寝の約1～2時間前に入浴して身体を温める
・就寝前はスマートフォンやタブレットなどブルーライトを含む明るい光を避ける
・寝室の温度を暑すぎず寒すぎない状態に保つ
・リラックスできる寝衣や寝具を選ぶ
食事内容も睡眠に影響するため、詳しくは次の記事もご覧ください。
睡眠に良い食べ物は何ですか？良質な睡眠環境を整えるコツも紹介
腸内マイクロバイオームを整えて、健康になろう！
マイクロバイオームは私たちの体内外に存在する微生物の集合体であり、特に腸内マイクロバイオームは消化や免疫だけでなく脳・口腔・肌など全身の健康と深く関わっています。腸内細菌のバランスを整えるためにも日々の生活習慣への意識が大切です。
特に食生活においては、朝昼夜の3食を基本に栄養バランスを整え、プレバイオティクスとプロバイオティクスを組み合わせたシンバイオティクスを意識することで、腸内環境を無理なくサポートできるでしょう。
参考文献
本郷道夫 腸内細菌と精神神経疾患からみる腸脳相関 参照年月日：2025年12月31日 https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjpm/62/6/62_62.6_451/_pdf
口ー腸ー全身軸：ペリオドンタルメディスンの新たな因果メカニズム 参照年月日：2025年12月31日 https://www.jstage.jst.go.jp/article/tjacp/36/2/36_18/_pdf/-char/en
ちょうどよいバランスの食生活 農林水産省 参照年月日：2025年12月31日 https://www.maff.go.jp/j/syokuiku/wakaisedai/attach/pdf/balance-8.pdf
健康づくりのための身体活動・運動ガイド2023 厚生労働省 参照年月日：2025年12月31日 https://www.mhlw.go.jp/content/001194020.pdf
健康づくりのための睡眠ガイド2023 厚生労働省 参照年月日：2025年12月31日 https://www.mhlw.go.jp/content/001305530.pdf
